Es wäre durchaus möglich das die Schuhe deine Knieschmerzen verursacht haben. Hier kann ich jedem Läufer immer wieder nur anraten sich einen guten Laufschuh anzuschaffen, da diese beim Training dein Arbeitsgerät darstellen und je schlechter die Schuhe desto höher die Belastung deiner Fuß und auch Kniegelenke. Wenn deine Schmerzen in den nächsten 2-3 Tagen nicht besser werden würde ich den Arzt aufsuchen, denn nur er kann kann dir genau sagen was die Schmerzen hervorruft und wie dies zu behandeln ist.

Ich würde bei dir mal ein sogenanntes Läuferknie diagnostizieren, das hatte ich dieses Jahr auch schon. Geh aber lieber mal zu Arzt, so aus der Ferne kann ich dir das auch nicht sicher sagen. Läuferknie heißt, dass bei dir der Tractus iliotibialis, eine Art Sehne im Knie gereizt ist. Was tun? Es hilft nur pausieren bis es weg ist. http://www.laufexperten.de/lex-magazin/03-11.htm

Eine Laufschuhanalyse sollte schon sein(da sieht man sich mit den alten und neuen Schuhen von hinten)meist liegen Knieprobleme aber daran, dass die Füße(oder ein Fuß)nicht in Laufrichtung sondern schräg aufgesetzt wird(so kann dann auch nicht abgerollt werden und du bremst dich selber).

Neben einem Arztbesuch (bitte nicht bei einem Feld,Wald und Wiesen-Orthopäden, sondern einem erfahrenen Sportmediziner, der selber läuft)würde ich eine Laufanalyse durchführen lassen. Damit läßt sich erkennen,ob der Laufstil stimmt.